Kuten edellä esitettiin, tietokoneohjelma voi olla teos tai olla olematta teos, sen mukaan, katsotaanko sen ylittävän ns. teoskynnyksen.
Vuonna 1991 lakiin lisättiin eräitä säädöksiä tietokoneohjelmien tekijänoikeudesta. Tällöin mukaan otettiin erillinen maininta siitä, että kirjallisena teoksena pidetään myös tietokoneohjelmaa. Tämä perusteltiin selventävänä huomautuksena, ei tekijänoikeuden alaa laajentavana säädöksenä. Kyseisen lainmuutoksen varsinainen tarkoitus oli ottaa mukaan joitakin erityissäädöksiä, jotka koskevat nimenomaan ohjelmia. Lisäksi säädös sanamuodostaan huolimatta ei merkitse, että kaikki ohjelmat, triviaaleimmatkin, olisivat teoksia; lauseen tarkoitus on sanoa, että teosten luokittelussa "kirjallisiin" ja "taiteellisiin" (1 §) ohjelma kuuluvat kirjallisiin teoksiin eli ohjelmiin sovelletaan kirjallisia teoksia koskevia erityissäädöksiä.
Tekijänoikeuden tietokoneohjelmille antama suoja on periaatteessa samanlainen kuin muidenkin teosten nauttima suoja. Yleisten periaatteiden mukaan tarvitaan siis tekijänoikeuden haltijan lupa ohjelman kappaleen valmistamiseen eli kopiointiin. Kuten kirjoituksessa Tietokoneohjelman edelleenmyynti selitetään, on olennaista, että myös ohjelman normaali käyttö merkitsee kopion valmistamista.
Tyypillisten markkinoilla olevien tietokoneohjelmien kuten tekstinkäsittelyohjelmien tai käyttöjärjestelmien teosluonne lienee käytännössä kiistaton. Sen sijaan näyttää siltä, että yksinkertaisten ja etenkin spesifisiin tarkoituksiin "räätälöityjen" ohjelmien osalta teoskynnys asettuisi melko korkealle. Taustalla on tällöin ajatus, että tehtävänasettelu tällöin asettaa niin ahtaat rajat, että teostason edellyttämälle yksilölliselle luovuudelle ei jää tilaa. (Ongelmia syntyy siitä, että teoskynnyksen ylittymistä arvioivat viime kädessä tuomarit, eikä heillä yleensä ole kokemusta siitä, mitä tietokoneohjelmien luominen on.) Laajahkosti tietokoneohjelmien teosluonnetta käsittelee tekijänoikeusneuvoston lausunto 1998:16.
Toisaalta EU:n periaatteet tietokoneohjelmien suojasta näyttäisivät edellyttävän teoskynnyksen asettamista huomattavan alas tai suorastaan teostasovaatimuksesta luopumista tietokoneohjelmien osalta. Haarmannin Tekijänoikeus & lähioikeudet viittaa direktiivin 91/250/ETY 1. artiklan 3. kohtaan ja arvioi (s. 58 – 59) näin:
Määräys näyttäisi johtavan siihen, että tietokoneohjelmien kohdalla Pohjoismaissa ja mm. Saksassa tunnettua teostasokynnyksen ylittämisen vaatimusta ei voitaisi ulottaa tietokoneohjelmiin. Näyttää siltä, että omaperäisyys ("originality") esiintyy EU-oikeudessa tietokoneohjelmien kohdalla sen sisältöisenä, joka tällä käsitteellä on common law-maissa : teos on peräisin tekijältään eikä ole kopioitu.
Mutta Haarmann viittaa myös HE 1992:211:een, jonka mukaan ohjelmiin sovellettaisiin samoja kriteerejä kuin muihinkin teoksiin. Ja Haarmann toteaa: "EY:n tuomioistuimen tehtäväksi jää ratkaista, mikä on oikea tulkinta."
Tekijänoikeus ei tietokoneohjelmien osaltakaan suojaa ideoita ja periaatteita. Tekijänoikeus ei siis voi koskea esimerkiksi algoritmia sinänsä, olipa se miten nerokas luomus tahansa, vaan enintään algoritmin esitystä teoksena, olipa se esitetty sanallisesti, erityisellä kuvauskielellä tai ohjelmointikielellä. Toisaalta ks. katsausta tietokoneohjelmien immateriaalioikeudelliseen suojaan.
Tietokoneohjelmista on tekijänoikeuslaissa erityissäädöksiä, jotka koskevat mm. oikeutta tehdä ohjelmaan käytön vaatimia muutoksia sekä tehdä ohjelmasta varmuuskopio (25j §, 25k §). Tietokoneohjelmien tekijänoikeussuoja on tiukempi kuin monien muiden teoslajien mm. siksi, että ohjelmat on rajattu omaan käyttöön kopiointia koskevan yleissäädöksen ulkopuolelle. Näiden seikkojen osalta on olennaista, mitkä teokset tulkitaan tietokoneohjelmiksi; tästä aiheesta ks. kirjoitustani Tietokoneohjelma teoksena – alkukielinen vai konekielinen?.
Oikeus tehdä varmuuskopio, lakikielellä "varmuuskappale", perustuu suoraan lakiin, ja säädös on 25j §:n 5. momentin mukaan pakottava, eli tätä oikeutta rajoittava sopimusehto on tehoton. Esimerkiksi Windowsin lisenssiehdoissa (ns. EULA) sanotaan, että varmuuskopioita saa tehdä vain yhden. Tämä rajoitus on siis kuitenkin pätemätön. Vaikka lakiteksti käyttää yksikkömuotoa, niin tarkoituksena on sallia yleisesti varmuuskopioiden teko, kunhan niiden käyttö rajoittuu yksinomaan varmistukseen. (Kopioita ei tietenkään saa esimerkiksi lainata toiselle, ei myöskään ohjelman asentamiseen koneeseen, johon ei ole ohjelman lisenssiä.) Lain perusteluissa sanotaan erikseen: "Varmuuskopiointia ei ole rajoitettu vain yhteen kappaleeseen, jos useamman varakopion valmistamiseen on perusteltuja syitä." (Tämä on hallituksen esityksen HE 211/1992 erityisperusteluissa 11c §:n kohdalla. Lain jäsennystä ja pykälien numerointia on myöhemmin muutettu. Tällöin on 25j §:n osalta vain sanottu, että se sisältää aiemman 11c §:n. Täten tämä siis on osa sitä perustelua, jonka valossa kyseistä säädöstä on tulkittava.)
Tietokoneohjelmien dokumentit, käsikirjat käyttöohjeet ja muut siihen liittyvät kirjoitukset ovat tyypillisesti laajoja luovan työn tuloksia, jotka nauttivat tekijänoikeutta. Lienee myös selvää, että jos ohjelma on luonteeltaan teos, myös sen sisäisen toiminnan dokumentaatio on yleensä teos. Asian kannalta dokumentin tai käyttöohjeen muoto on epäolennainen. Esimerkiksi vain koneella luettavassa muodossa oleva ns. online help on tekijänoikeuden suojaama, jos se olisi suojattu paperiversiona.