CVS:ään liittyen on tehty muutamia työkaluja helpottamaan sen hallittavuutta. Yksi tällainen työkalu on Bonsai. Se on alunperin kehitetty Netscapen sisäistä käyttöä varten. Kun Netscapen selain julkistettiin Open Source -tuotteena, julkaistiin sen rinnalla myös muutamia projektinhallintaan liittyviä yrityksen omia työkaluja. Bonsai on yksi näistä työkaluista. Bonsai on CVS:n kehityspuidenhallintaohjelma. Sen avulla voi tehdä kyselyitä CVS:ssä olevan koodin tilasta ja siihen tehdyistä muutoksista. Sen avulla voi muun muassa selvittää kuka on tehnyt jonkin tietyn koodirivin.
Virheiden seurantaan ja virheraportointiin on useita eri työkaluja. Suosituimmat niistä ovat Bugzilla ja GNATS. Bugzilla on Netscapen tuottama seittipohjainen virheraporttien hallintajärjestelmä. GNATS puolestaan on GNU-projektin sähköpostipainotteinen vastaava järjestelmä, joka on kuitenkin monipuolisempi kuin Bugzilla tai muut vastaavat järjestelmät. Siihen on viime aikoina kehitetty myös seittipohjaisia käyttöliittymiä.
Lähdekoodin tarkasteluun seittisivujen kautta on olemassa työkalu nimeltä LXR. Se tehtiin alunperin muuttamaan Linux-käyttöjärjestelmäytimen lähdekoodi HTML-muotoon siten, että funktioiden nimet ovat linkkejä niiden määritelmiin ja niin edespäin. Kun suureen projektiin tulee uusia kehittäjiä, voidaan heidät tutustuttaa lähdekoodiin tämän työkalun avulla.
Käännösympäristön hallintaan tehtyjä vapaita työkaluja käytetään myös hyvin usein. Tällaisia työkaluja ovat mm. autoconf, automake, autoheader ja aclocal. Nämä muodostavat yhdessä voimakkaan paketin, jolla on helppo hallita monille eri arkkitehtuureille käännettäviä ohjelmistoja. Open Source -ohjelmistojen eräs erikoisuus on juuri se, että niitä voidaan käyttää hyvin useissa eri käyttöjärjestelmissä.